这一时期的香药在医疗方面已有许多应用，虽还不像唐代那样普遍，但发展速度也很快。南北朝时的本草典籍《名医别录》(成书不迟于公元500年，盖为3~5世纪医学资料之汇集)即收载了沉香、檀香、乳香(熏陆香)、丁香(鸡舌香)、苏合香、青木香、香附(莎草)、藿香、詹糖香等一批新增香药。陶弘景曾为此书作注(一说是陶弘景汇编前代史料编撰而成)，并据之对《神农本草经》作修订补充，增365种药，编撰了著名的《本草经集注》。
葛洪、陶弘景等许多名医都曾用香药治病，涉及内服、佩戴、涂敷、熏烧、薰蒸等多种用法。
葛洪(284~364)，自号抱朴子，是道家著名的炼丹道士，也是魏晋时期最重要的医学家，在温病学、免疫学、化学等多个领域都有世界性的贡献。
陶弘景(456~536年)，齐梁间人，与葛洪相似，是道家大德(亦修佛)，也是著名医学家，擅书法，精于制香。曾任梁武帝宰相，辞官隐修后，武帝仍常登门问询，人称“山中宰相”。摩崖书法名作、镇江焦山的《瘗鹤铭》(瘗鹤：葬鹤。)碑很可能是由陶弘景撰文、书写。唐宋以来，此碑即被誉为“大字之祖”。
葛、陶二人皆重视用香，也有许多用香药疗病的医方，如：葛洪以“青木香、附子、石灰”制成粉末，涂敷以治疗狐臭。用苏合香、水银、白粉等作成蜜丸内服，治疗腹水。(《肘后备急方》)用鸡舌香、乳汁等煎汁以明目、治目疾。(《抱朴子》)陶弘景以雄黄、松脂等制成药丸，用薰茏熏烧，“夜内火笼中烧之”，以熏烟治“悲思恍惚”等症。用鸡舌香、藿香、青木香、胡粉制为药粉，“内腋下”以疗狐臭。(《肘后备急方》)
葛洪还曾提出用香草“青蒿”治疗疟疾。至20世纪70年代，中国科学家从黄花蒿(古称青蒿)中提取出对疟疾有独特疗效的“青蒿素”。现在，国内外以青蒿素为基础开发的药物已成为世界上最重要的抗疟药物之一，挽救了数百万危重患者的生命并为阻止疟疾传播作出了重要贡献。(先秦的“萧”即指香气较浓的蒿，应包括青蒿。)
