明清海禁的目的并不是禁止海外贸易(明代是为维持沿海安定，防范海盗、倭寇，清代是为防范沿海汉人反抗、戒备西方列强等)，所以，虽然总体上是以“禁”为主，但“开海”的主张从来没有停息，也一直有阶段性的开海政策。如明代后期隆庆帝时，基本肃清倭患，即开放海禁，允许私人商船出洋，海上贸易立时极为兴盛。
此外，这一时期也始终都有地下贸易存在，许多地方走私贩海规模甚大。如嘉靖时，虽然海禁极为严厉，但东南沿海民众及徽州商帮仍不顾禁令，造船出海成风，“富家以财，贫人以躯，输中华之产，驰异域之邦”。(《海澄县志》)利润巨大的香药贸易不仅吸引了众多海内外商人，还诱使一些官员加入了走私活动。
约明中期之后，葡萄牙商人也成为香药进口的一大渠道。葡萄牙驻满剌加(今马六甲)总督首次派到广东的商船即载有大量香药并获利颇丰。不久，葡萄牙国王的特使至广东，龙脑香也是其携带的主要礼品之一。葡萄牙商船以葡侵占的满剌加为依托，频繁往来于澳门及南洋群岛、马拉半岛、印度洋沿岸港口之间，向中国运入了大量的胡椒、檀香、乳香、丁香、沉香、苏合香油、肉豆蔻等物。仅1626年，葡萄牙从印度尼西亚望加锡港运来的檀香就达60000银元。(C.R.Boxer，Fidalgos in the Far East ，1550~1770，《葡萄牙绅士在远东》)
